Die dritte Abteilung fasst Lehr- und Lernmittel der naturwissenschaftlichen Fächer zusammen. Es handelt sich um Exponate aus dem Bereich der klassischen Naturwissenschaften Physik, Chemie, Biologie sowie aus der Erdkunde, ein Fach, das an der Schule heute den sozialwissenschaftlichen Fächern zugeordnet ist, aber als Integrationsfach Naturwissenschaften und Sozialwissenschaften vereint. Wesentliche Teile der Materialien gehen auf die Sammlung schulischer Realien zurück, die nach der preußischen Schulreform von 1872 in den Unterricht Einzug hielten.

Sieben Lehrmittelschränke aus der Einrichtung des heutigen Gymnasialgebäudes aus dem jahr 1931 wurden zu Vitrinen aufgearbeitet. In ihnen konnte eine ansehnliche Auswahl dreidimensionaler Exponate untergebracht werden. Dabei handelt es sich zum Teil um ausgesprochene Raritäten. Als Beispiel sei aus dem Bereich Physik auf eine Elektrisiermaschine aus dem Jahr 1903 hingewiesen. Besonders umfangreich ist die Sammlung der Biologie, die neben Schulwandbildern eine Vielzahl von dreidimensionalen Exponaten zeigt: Trockenpräparate, Flüssigkeitspräparate mit in Alkohol konservierten Lebewesen, Skeletteile, Natura-docet-Präparate (natürliche, vollständig durchsichtige Präparate), Herbarien u. v. a.